Efter vikingetiden mistede Limfjorden forbindelsen med havet og blev en kæmpemæssig brakvandsfjord. Den var på det nærmeste delt op i to områder med Løgstør som skillepunkt. I den østlige del var vandet mere salt, og her dominerede sildefiskeriet. Mod vest blev der fanget ferskvandsfisk som helt, aborre, gedde og brasen. Selv om der var ål i hele fjorden, så var ålefiskeriet alfa og omega i den vestlige del.
Da havet i 1825 brød ind i fjorden, ødelagde saltvandet mange brakvandsfisk. Mange fiskearter forsvandt fra fjordens bredninger, mens ål og ørred tilpassede sig de nye forhold. Fattigdom blev en følge for dem, hvis eksistens var knyttet til de tidligere fiskearter.
Før 1825 drev man fiskeri fra små, fladbundede både langs de sivbevoksede kyster. Efter havets gennembrud forsvandt sivene, og de nye fiskearter som rødspætter og torsk måtte tages på de åbne bredninger med uroligt farvand. Det førte til udviklingen af en ny bådtype, sjægten, som de lokale fiskere skabte. Sjægten var en klinkbygget sejlbåd med lang køl, så der var plads til at trække voddet ind over siden. For at holde båden i ro under arbejdet kunne masten lægges ned. Da motorbådene vandt frem i 1900-tallet, blev sjægten efterhånden udkonkurreret.
Det fik stor betydning for fiskeriet, at Jens Væver fra Salling i 1848 opfandt snurrevoddet. Betegnelsen kommer af, at voddet “snurres” eller trækkes rundt om en bøje.
I 1852 begyndte man at skrabe østers i Limfjorden, og Nykøbing blev hjemsted for et stort østerskompagni. I dag skrabes der muslinge i fjorden, mens erhvervsfiskeriet er ophørt. I perioder har der heller ingen fisk været at fange, og en stående diskussion har været, om det først og fremmest skyldes muslingeskraberne eller forurening fra industri og landbrug.